Tổ chức của Viện Viện Khoa học ứng dụng Y Dược Phương Đông, gồm: Hội đồng quản lý, Ban lãnh đạo Viện, các phòng chức năng.
+ Hội đồng quản lý Viện: Ông Nguyễn Quang Hồng, Chủ tịch Hội đồng quản lý
+ Ban lãnh đạo Viện:
1 – BSCK1 Nguyễn Đức Hiền, Viện trưởng
2 – TS.BS. Trần Trọng Dương, Phó Viện trưởng, Phụ trách nghiên cứu Khoa học và Đào tạo
+ Chủ tịch Hội đồng Khoa học: Thiếu tướng.TS.BS.TTND Nguyễn Khắc Thủy
+ Chủ tịch Hội đồng đạo đức y sinh: PGS.TS. Nguyễn Minh Sơn
+ Chuyên gia Hóa Dược: PGS.TS. Lê Xuân Quế, Phụ trách quy trình sản xuất sản phẩm mới của Viện.
+ Các Phòng ban:
.) Văn phòng bao gồm các bộ phận: Hành chính – Tổ chức – Kế toán;
.) Phòng Nghiên cứu khoa học đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn;
.) Phòng hợp tác và chuyển giao công nghệ;
.) Trung tâm hợp tác kinh tế và quốc tế;
.) Trung tâm phát triển nguồn Dược liệu;
Nhân sự được tuyển chọn vào Viện là những Giáo sư, Phó Giáo sư, Tiến sĩ, Thạc sĩ, Bác sĩ, Cử nhân có tâm huyết với lĩnh vực hoạt động của Viện và có ý thức xây dựng Viện.
Viện có một đội ngũ cán bộ trẻ trung và năng động, có chuyên môn vững vàng và đã có kinh nghiệm nhất định trong lĩnh vực Y Dược học.
Ngoài ra, Viện còn được hỗ trợ bởi ban cố vấn bao gồm những giáo sư, tiến sĩ, chuyên gia trong lâm sàng cũng như trong nghiên cứu y khoa. Bên cạnh đó, việc xây dựng mạng lưới cộng tác viên năng động, nhiệt tình, luôn sẵn sàng hỗ trợ trong việc triển khai các dự án, nghiên cứu cũng là một phần không thể thiếu trong tổ chức Viện.
Viện coi trọng việc hợp tác với các chuyên gia trong và ngoài nước có kinh nghiệm và trình độ chuyên môn, quản lý để ký kết thực hiện các nội dung hoạt động của Viện với hình thức hợp đồng theo từng đề tài, đề án. Hội đồng Đạo đức và Hội đồng Khoa học của Viện là các Giáo sư, Phó Giáo sư, Tiến sĩ và chuyên gia về lĩnh vực Dịch tễ, Vi sinh, Nhi khoa, Hóa sinh,…, được thành lập nhằm mục đích xem xét, đánh giá, phê duyệt khía cạnh đạo đức và tính khoa học của các đề tài nghiên cứu.
